genau mit der hier geposteten Datei geht der Code, soweit zu testen wäre von Vorteil 
die Fehlermeldung in Suchmaschine findet auch ins Englische übersetzt
mehrere Top-Level-Tags in einer Datei wird wenig gemocht,
eine Möglichkeit wäre, die Datei jeweils im Dateisystem oder on the fly zu ergänzen:
File inputFile = new File("Log.log");
FileReader r = new FileReader(inputFile);
BufferedReader br = new BufferedReader(r);
StringBuilder b = new StringBuilder();
b.append("<rootDesUebels>");
String line = null;
while ((line = br.readLine()) != null)
b.append(line); // Zeilenumbrüche wohl verzichtbar
b.append("</rootDesUebels>");
br.close();
String all = b.toString();
DocumentBuilderFactory dbFactory = DocumentBuilderFactory.newInstance();
DocumentBuilder dBuilder = dbFactory.newDocumentBuilder();
Document doc = dBuilder.parse(new InputSource(new StringReader(all)));
doc.getDocumentElement().normalize();
System.out.print("Root element: ");
System.out.println(doc.getDocumentElement().getNodeName());