ja muss mal schauen die sachen kann man bestimmt auch programatisch mitgeben… ist vielleicht nicht so schön aber müsste gehen…
Du könntest beim Programmstart nach Benutzernamen und Passwort fragen, anhand dessen dann die persistence.xml zusammenbauen, speichern, und diese dann laden lassen (so als „Ich hab sonst keine Idee“-Antwort 
).
ich kann user passwort verschlüsslet in eine datei speichern… und dann einfach gleich weiter verarbeiten … weil man die hibernate.cfg.xml auch programmatisch zusammenbauen…
Und wie entschlüsselst du die Datei? Das ist auch nicht viel sicherer, außer die neue Hürde „Verschlüsselung“ (Code decompilen und angucken wie dus machst) 