Berichten zufolge kann Microsofts Patch für die Lücken in .NET einigen Ärger verursachen. So sind während der Installation des Updates unter Umständen bis zu drei Reboots nötig, wenn .NET 1.1 und .NET 2.0 installiert sind, um alle Lücken zu schließen. In wenigen Fällen meckert das Update beim Versuch, sich zu installieren, dass gar kein .NET installiert sei. Zudem kann die Installation des Updates dazu führen, dass das System nicht mehr in den Ruhezustand wechseln kann, weil der Update-Dienste für .NET 1.1 es daran hindert. Abhilfe schafft es, den Dienst einfach zu beenden respektive zu deaktivieren.